Notre étude a porté essentiellement sur les paramètes physico-chimques et les diatomées de la rivière Nyesiha située dans la commune Musigati de la province Bubanza. Des analyses de témpérature, de pH, de conductivité électrique et une étude des diatomées ont été faites sur cinq stations. Les stations 1 et 2 situées sur la rivière Nyesiha en amont de l'usine de dépulpage du café ont reçu les déchets provenant de l'abattoir de la commune, la station 3 est localisée sur le canal d'évacuation des effluents de l'usine, la station 4 est située au confluent du canal et de la rivière tandis que la station 5 se trouve à environ 1 km du confluent. Les stations étaient hétérogènes (eaux stagnantes, boue, sable, pierres et plantes) et l'étude a été conduite pendant une période de trois mois (Août 2012, mai et juillet 2013). Les températures étaient peu élevés (20,4 à 22°C), le pH legèrement acide (5,62 à 6,73) et la conductivité électrique basse (38,2 à161,6uS/cm). Le pH et la conductivité électrique variaient en fonction des substrats, des stations et des dates de prélèvement. L'étude de la flore diatomique de la rivière Nyesiha, basée sur 34 échantillons d'algues nous a donné une liste de 50 espéces réparties en 7 familles et 20 genres de la sous-classe des pennatophycideae. Les Naviculaceae, les Nitzschiaceae et les Eunotiaceae étaient les familles les plus riches en espèces. Les espèces constantes, accessoires et accidentelles ont été dentifées sur base des critères de leur présence/abscence et de leur abondance. La richesse spécifique variait en fonction de l'échantillon analysé, c'est-à-dire du substrat, de la station et de la période de prélèvement. Des succcession des espèces fragilaria ulna, Navicula exigua, N. mutica,Pinnularia subcapitata, Gomphonema parvulum et Hantzshia amphioxys ont été mises en évidence. Quatre groupes écologiques avec leurs espèces caractéristiques ont été identifiés sur base de la classification des données de comptages bruts : groupe à Navicula mutica et Fragilaria ulna, groupe à N. mutica et Pinnularia subcapitata, groupe à N. mutica F. ulna et Surirella tenera, groupe G. parvulum et N. mutica. Certains espèces constantes indiquent la présence de milieux oligosaprobes, B-mésosaprobes et a-mésosaprobes.